Si propone di documentare l’evolversi della vita culturale e religiosa della locale comunità ecclesiale attraverso la tutela, la conservazione, la valorizzazione e la promozione, anche in chiave pastorale, del patrimonio di arte sacra della Diocesi di Molfetta-Ruvo-Giovinazzo-Terlizzi e dei beni culturali ecclesiastici.

La Fondazione Museo Diocesano inoltre promuove una conoscenza attiva e partecipata dei beni culturali ecclesiastici, si propone come luogo di socializzazione, diffonde la cultura cristiana attraverso la gestione degli istituti culturali quali Museo, Archivio e Biblioteca diocesani, nonché dei luoghi di interesse culturale; promuove, progetta, cura e organizza iniziative culturali.